パズルが大好きな高校生・大門カイトは、ある日、幼なじみで同級生の少女・ノノハとともに、学園近くの地下遺跡に隠された「解けない迷路」に挑む。
それは謎の頭脳集団・【POG】が作り出し、挑戦者の命を奪うワナがいくつも仕掛けられた【賢者のパズル】だった。
その地下迷路には、【オルペウスの腕輪】という「財」が封じられていた。

腕輪を手に入れたカイトは、世界のどこかにある【神のパズル】を解くことができる存在＝【ファイ・ブレイン】の候補者として認められ、【アインシュタインの称号】を受ける。
それは、POGとの賢者のパズルをめぐる長い戦いの始まりでもあった。


カイトとノノハ、そして2人の周りに集うファイ・ブレインの候補者、ギャモン、キュービック、アナたちは、果たしてPOGとの命がけのパズル・バトルを勝ち抜き、ファイ・ブレインと神のパズルの謎を解き明かすことができるか？